El IAMZ promueve y coordina redes de investigación cooperativa a fin de facilitar la colaboración entre expertos pertenecientes a equipos de investigación de países miembros del CIHEAM con los siguientes objetivos:
Las redes de investigación están estructuradas en grupos de investigadores que trabajan en temas científicos comunes, con una estructura de coordinación estable y una amplia y consolidada participación de personas, instituciones y países. Las temáticas de las redes promovidas actualmente por el IAMZ son de diversa índole: fruticultura (especialmente frutos secos), cereales y leguminosas, pequeños rumiantes, pastos y forrajes, pesquerías, acuicultura, gestión de la sequía y seguridad alimentaria. También se han tratado otros temas en el pasado, como producción de conejos en el Mediterráneo, micorrizas, etc.
El nivel de actividad y el tipo de acciones llevadas a cabo por las redes y grupos de investigación varían en función de los objetivos específicos fijados, la disponibilidad de los participantes, el grado de coordinación científica y la sinergia con las actividades desempeñadas por otras instituciones nacionales o internacionales asociadas al IAMZ. Las actividades se distribuyen generalmente dentro de las siguientes categorías: