Durante la segunda parte del Máster, los participantes completan 60 ECTS centrados en la introducción a la investigación y en la elaboración de una Tesis basada en los resultados de un trabajo de investigación original, una vez que el candidato ha preparado un protocolo experimental presentado bajo la supervisión del tutor de la tesis. El trabajo experimental para la elaboración de la tesis se realiza en las instituciones organizadoras del Máster o en otras instituciones colaboradoras, durante un periodo de 10 meses, bajo la dirección de un tutor que debe ser un doctor de reconocida experiencia.
Para poder optar a la renovación de las becas del CIHEAM Zaragoza para participar en la segunda parte del Máster el estudiante deberá haber obtenido una calificación media en la primera parte del Máster igual o superior a 70 sobre 100.
Algunas de las temáticas más frecuentes en las tesis de Master of Science son:
- Estimación de los parámetros genéticos
- Valores genéticos de los rasgos de producción y calidad de razas específicas
- Caracterización genética de razas y poblaciones
- Análisis de marcadores moleculares de rasgos interesantes
- Calidad y conservación del semen
- Cultivo de embriones in vitro