Gran parte de las actividades de formación y capacitación se diseñan en colaboración con numerosas instituciones nacionales e internacionales de la región mediterránea.
Se celebran en el CIHEAM Zaragoza y en otros centros de países mediterráneos.
El CIHEAM Zaragoza está situado en el Campus de Aula Dei y muchas de sus actividades interactúan estrechamente con los programas de investigación y experimentación llevados a cabo en las instituciones del campus.
El CIHEAM Zaragoza tiene firmados acuerdos de colaboración con numerosas universidades españolas en los cuales se incluye la organización conjunta de programas de Máster y el reconocimiento mutuo de títulos y créditos.
A continuación se muestran las universidades con las que se coorganizan programas de Máster, así como algunos ejemplos de programas de formación organizados en los últimos años en los que han intervenido las siguientes instituciones y proyectos: