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El IAMZ promueve y coordina programas de investigación cooperativa a fin de facilitar la colaboración entre expertos pertenecientes a equipos de investigación de países miembros del CIHEAM y de otros países europeos y no europeos. El objetivo general es analizar los problemas que afectan a la agricultura, acuicultura, recursos naturales y medioambiente en la región mediterránea, llevando a cabo una búsqueda conjunta de resultados y facilitando el intercambio de estos resultados mediante la armonización de metodologías y técnicas de aplicación.

Los proyectos de investigación se originan muchas veces a partir de las redes y siempre tienen una duración fija (normalmente entre 3 y 4 años) determinada por su financiación, generalmente externa, procedente en especial de la CE a través de sus diferentes programas.

En estos últimos años, el IAMZ ha dedicado mucho tiempo y esfuerzo a la presentación de propuestas a la CE, habiendo sometido más de 25 proyectos a los programas INCO, MEDA, Interreg, FP6, FP7 y H2020, de los cuales 16 han sido financiados. En estos proyectos, el IAMZ actúa como coordinador administrativo desempeñando un papel de organización y gestión, o bien como socio, generalmente llevando a cabo actividades de formación y difusión. Cuando su tarea es la de coordinador, el IAMZ sirve de nexo entre los socios científicos y el organismo financiador (Comisión Europea), y entre los propios socios, trabajando estrechamente con el coordinador científico, organizando las reuniones, ofreciendo apoyo para los aspectos administrativos del proyecto, presentando los informes, etc.

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